《勞動合同法》出于對勞動者的保護，對違反服務期約定的違約金數額規定了上限，最高不得超過用人單位的培訓費用。實踐中，用人單位往往在法律允許的范圍內，將違約金規定至最高額，所以，造成了違約金概念和培訓費概念的混淆，但實際上它們的法律性質是不同的。違約金是指當事人在合同中約定的，一方違約時應支付給另一方的金額。只要一方違約，就應該向另一方支付違約金。

如果小軍和公司有服務期的約定，則應該適用《勞動合同法》的規定，支付違約金5000元。如果沒有約定，則適用1995年的規定，不需要向公司支付培訓費5000元。

小軍和公司有服務期協議，所以應該支付5000元錢，但小軍支付的5000元是違約金，而不是培訓費。