南京中醫藥大學始建于1954年，歷經江蘇省中醫進修學校、江蘇省中醫學校、江蘇新醫學院、南京中醫學院等歷史時期，是全國建校最早的高等中醫藥院校之一，是江蘇省重點建設高校，也是江蘇省人民政府與國家中醫藥管理局共建高校。半個世紀以來，南京中醫藥大學為新中國高等中醫教育培養輸送了第一批師資、主持編寫了第一套教材和教學大綱，培養并誕生了新中國中醫藥界最早的學部委員(院士)，為新中國現代中醫高等教育模式的確立和推廣做出了重要貢獻，被譽為“中國高等中醫教育的搖籃”。

學校坐落于鐘靈毓秀、虎踞龍蟠的古都南京，擁有仙林和漢中門兩個校區。現有各類在校生20000余名，設有基礎醫學院、第一臨床醫學院、第二臨床醫學院、藥學院、經貿管理學院、護理學院、外國語學院、信息技術學院、心理學院共9所直屬學院，24個本科專業，涉及醫、管、理、工、經、文等6個學科門類，初步形成了“以中醫藥為主體、中西醫結合、多學科為支撐協調發展”的辦學格局。

學校現有3個國家重點學科、14個國家中醫藥管理局“十一五”重點學科、19個國家中醫藥管理局“十二五”重點學科、4個江蘇省高校優勢學科建設工程、8個江蘇省重點學科(其中2個列入國家重點(培育)學科)。擁有中醫學、中藥學、中西醫結合3個博士后科研流動站，25個博士點和44個碩士點，博士點覆蓋中醫、中藥、中西醫結合所有二級學科，具有博士生導師自審權和主干學科專業的教授評審權。學校現有5個國家級專業、6門國家級精品課程、2個國家級教學團隊、1個國家級人才培養模式創新實驗區、2個國家級實驗教學示范中心、25部國家級規劃教材(主編)。現已建成22所附屬醫院、5所中西醫結合臨床醫學院，各類教學及畢業實基地逾百所。

學校科研實力雄厚，是國家科技部新藥臨床試驗研究(GCP)中心、國家教育部中藥炮制規范化及標準化工程研究中心、江蘇省植物藥深加工工程研究中心、江蘇省海洋藥物研究開發中心、江蘇省中藥質量控制工程技術研究中心的依托建設單位。學校現有1個國家教育部工程研究中心、3個點省部級工程研究中心、2個省重點研究機構、1個江蘇高校協同創新中心、1個省部共建針藥結合重點實驗室、3個國家中醫藥管理局重點研究室、6個江蘇省重點實驗室、8個國家中醫藥管理局三級實驗室、1個國家中醫藥管理局二級實驗室、2個南京市工程技術研究中心、2個校級重點實驗室。學校構建形成了“一個中心、四大板塊”的科技臺布局，即江蘇省中醫藥研究與新藥創制中心和南京中醫藥大學科技園、南京高新技術開發區中藥產業園區、中國醫藥城中醫藥研究院、江蘇生命科技園，加快推進“產、學、研”結合，積極為地方經濟社會發展服務。

學校治學嚴謹，學術氛圍濃厚，名家云集，人才輩出，涌現出了一批又一批蜚聲海內外的專家、學者，培養并誕生了9位“國醫大師”(占全國的三分之一)、5位中醫藥界院士(占全國的二分之一)。年來，先后有10余人次榮獲“國家級有突出貢獻中青年專家”、“國家教學名師”、“全國模范教師”、“全國優秀教師”、“全國先進工作者”、“全國師德建設先進個人”等各類全國性榮譽稱號和表彰。

學校是世界衛生組織(WHO)傳統醫學合作中心、國家衛生部確定的國際針灸培訓中心、全國中醫師資進修教育基地、中國中醫文獻檢索中心分中心，同時也是首批獲國家教育部批準接受和培養外國留學生及臺港澳地區學生的高等中醫藥院校。2011年6月20日，學校與澳大利亞皇家墨爾本理工大學合作建立了全球首家中醫孔子學院，時任國家副*出席了揭牌儀式并發表重要講話。學校目前與世界90多個國家和地區有著廣泛交流和聯系，并與世界30多個國家和地區的政府、高等院校或學術團體及機構建立了友好合作關系，具有較高的國際聲譽和影響力。面向未來，南京中醫藥大學將進一步繼承和發揚辦學的優良傳統和作風，不斷深化體制機制改革，大力實施“人才強校、質量興校”戰略，加強內涵建設，提升辦學水，通過辦學規模、結構、質量、效益的協調發展，積極創建“國內一流、國際著名”的研究教學型中醫藥大學，努力躋身于全國具有鮮明的高水大學行列。