昌吉學院有2個校區，分別是南、北兩個校區。

昌吉學院位于新疆天山北坡經濟帶中心--美麗的昌吉市,有著50多年的辦學歷史。其前身是成立于1959年的昌吉師范學校，1985年升格為昌吉師范專科學校，2001年5月經國家教育部和自治區人民政府批準升格為本科院校--昌吉學院。學院現有南北兩個校區,占地面積1103畝。

南校區：新疆昌吉市世紀大道9號

北校區：新疆昌吉市北京北路77號

占地面積800余畝，各類建筑面積20萬方米。有包括外國留學生在內的各類全日制在校生7200多人。2014年學院官網顯示，學院設有中文系、中語系、經濟管理系、外語系、社會科學系、數學系、物理系、化學工程系、計算機工程系、體育系、音樂系、美術系、初等教育學院、成人教育學院14個教學系(院);開設42個本科專業(含疆內定向免費師范生專業)、15個專科專業(含疆內定向免費師范生專業)。