學校始建于1951年，前身為西南區川南醫士學校，1959年升格并更名為瀘州醫學專科學校，1978年升格并更名為瀘州醫學院，1993年成為碩士學位授權單位，2001年開始聯合培養博士，2003年開始留學生學歷教育。更名為西南醫科大學。

學校占地2011畝。在校本科生、研究生、留學生17005人。學校有專任教師1056人，其中博士241人;具有高級專業技術職務的專任教師495人，其中正教授135人；碩士生導師616人，博士生導師17人。有教育部“*”講座教授、國家“百千萬人才工程”第一、二層次人選、享受國務院政府特殊津貼專家等高層次人才356人次。

學校有碩士學位一級學科授權點7個，專業學位7個，省部級重點學科7個。有26個普通本科專業，其中國家專業3個，本科第一批次招生專業13個，雙學位專業5個。學校是國家第一批“卓越醫生教育培養計劃項目”（2項）、“臨床醫學專業綜合改革”、“臨床醫學碩士專業學位研究生培養模式改革”試點高校。有省級精品課程及精品資源共享課程26門，省級人才培養模式創新實驗區2個、省級實驗教學示范中心4個、省級虛擬仿真實驗教學中心2個。是四川省卓越法律人才教育培養計劃示范性實踐教學基地。兩屆獲四川省高等教育教學成果獎一等獎3項。據國家考試中心數據顯示，我校醫學學科專業畢業生執業資格考試通過率在全國高等院校中名列前茅。

學校有教育部重點實驗室、國家級博士后科研工作站、國家藥物臨床試驗機構、省重點實驗室、省科技基礎條件臺等研究基地和機構，是“四川2011心血管疾病防治協同創新中心”牽頭單位，有以醫藥、醫療器械研發為的省級大學科技園。五年，獲省部級科技成果獎24項，其中省政府一等獎3項、中華醫學科技獎二等獎1項、三等獎2項，獲得授權專利53項。

年來，學校不斷加強對外交流與合作，先后與美國、英國、加拿大、港澳臺等23個國家和地區的高校、醫療衛生和科研機構建立了合作交流關系，積極開展聯合培養博士、互訪、教師培訓、學生交流和科研合作。先后邀請了美國國立健康研究院、英國斯旺西大學等國外大學及科研機構的專家學者來校交流訪問。先后舉辦了“中國酒城國際心血管研究高端論壇”、“第五屆國際離子通道學術大會”、“腫瘤醫學高端研討會”等國際學術會議。

學校是四川省高等學校教育信息化示范學校。圖書館是四川省自動化、網絡化建設優秀圖書館。

學校有三級甲等直屬附屬醫院3所，有部省級醫學學科17個，是國家全科醫師規范化培訓基地、國家或省級住院醫生和專科醫師規范化培訓基地，是擁有4000多萬人口的川滇黔渝結合區域的省級醫療衛生中心。