山西醫科大學有2個校區，分為新校區和老校區。

山西醫科大學的前身是山西醫學傳所，創建于1919年。學校現有兩個校區，占地1398畝，建筑面積50余萬方米；固定資產總值5.67億元，其中教學科研儀器設備值2.5億元；紙質圖書135萬冊。位于山西省太原市新建南路56號的老校區是學校的科學研究中心。

新校區：文華街55號省高校新區

以本科生教育教學為主，主要承載部分醫學類專業本科生前期教育教學、非醫學類專業本科生教育教學、部分科學研究、留學生教育教學和與之配套的管理和服務功能。

老校區：太原市迎澤區新建南路56號(迎澤公園)

以科學研究和研究生教育教學為主，主要承載部分醫學類專業本科生后期教育教學、醫學類研究生教育教學、部分科學研究、繼續教育和職業技術教育、社會服務和與之配套的管理和部分服務功能。