南京醫科大學設有兩個校區（五臺校區和江寧校區）

五臺校區位于南京市鼓樓區五臺山南麓，占地120畝，是臨床教學和研究中心。江寧校區位于南京市江寧區大學城，占地面積1300畝，是教學和科研中心。

南京醫科大學（Nanjing Medical University），簡稱南醫大，學校位于中國歷史文化名城、六朝古都南京市，由中華人民共和國教育部、中華人民共和國國家衛生和計劃生育委員會、江蘇省人民政府三方共建，學校是江蘇省屬重點建設大學，教育部“卓越醫生教育培養計劃”試點高校、江蘇省高層次人才培養計劃??“333工程”培訓基地。

學校創建于1934年，時名江蘇省立醫政學院。1957年，由鎮江遷至南京，更名為南京醫學院。1962年，被列為全國首批六年制醫藥院校。1981年，學校被批準為全國首批博士、碩士學位授予單位。1993年，學校更名為南京醫科大學。

截至2018年3月，學校建有五臺、江寧兩個校區，設有23個學院（部）和1個獨立學院，在江蘇、上海、浙江、山東等地擁有24所附屬醫院和50多所教學醫院，學校設有24個本科專業和3個“5+3”本碩一體化專業，在校生總數1.4萬多人，在職教職工1700多人；有教授188人、副教授252人，有博士生導師587人、碩士生導師2014人（含附屬醫院）。學校現有中國工程院院士1名，美國國家醫學院外籍院士1名，“*”特聘教授3名。在教育部第三輪學科評估中，學校的基礎醫學一級學科位列全國第7，口腔醫學位列第6，公共衛生與預防醫學位列第3，護理學位列第8。2016年，學校獲得265項國家自然科學基金項目，項目數位居獨立設置醫科大學第1位。