安徽中醫藥大學創建于1959年，其前身為1952年創立的安徽省中醫進修班（學校）。1959年，安徽省政府正式批準成立安徽中醫學院，郭沫若先生題寫校名。1970年，安徽中醫學院并入安徽醫學院。1975年，國家教育部批準恢復安徽中醫學院。2000年，安徽省醫藥學校并入安徽中醫學院。2011年，省政府批準在安徽中醫學院的基礎上組建成立安徽省中醫藥科學院。2013年，教育部同意安徽中醫學院更名為安徽中醫藥大學。

學校是國家中醫臨床研究基地、國家中藥現代化科技產業（安徽）基地、國家中醫藥國際合作基地、國家藥品臨床研究基地、碩士研究生推薦免試單位。2005年以良好成績通過國家教育部本科教學工作水評估，2009年學校以優異成績通過國家教育部中醫學專業試點認證。

學校現占地總面積1171畝，有梅山路、史河路、少荃湖三個校區。東校區坐落于合肥市梅山路103號，西校區坐落于合肥市史河路45號，少荃湖校區坐落于前江路。教學科研儀器設備總值18907萬元。圖書館藏書200萬冊（其中紙質圖書96.16萬冊），古籍部珍藏古籍線裝書3.3萬冊，是“全國古籍重點保護單位”。中藥標本中心儲藏了11萬份藥用植物臘葉標本，是全國醫藥院校珍藏標本最豐富的標本館。新安醫學文化中心是安徽省中醫藥文化宣傳教育基地。

學校現有全日制在校生14033人（其中博士生、碩士生1147人）。現有13個二級學院（部）、3所直屬附屬醫院、4所非直屬附屬醫院。現有教職工2500多人（含附院），其中副高以上職稱人員500余人。國醫大師1人，安徽省高校領軍人才5人，博士生導師22人，碩士生導師501人；享受國務院特殊津貼23人、省政府特殊津貼8人；安徽省學術與技術帶頭人、后備人才25人；國家名老中醫學術經驗項目指導老師26人。有來自國內外的57名知名專家學者擔任我校客座教授。

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